2012年2月7日，国家林业局发布《国家林业局关于公布第二批国家重点林木良种基地的通知》（林场发[2012]25号），公布了第二批国家重点林木良种基地，共95处。
中国园林网3月7日消息：2012年2月7日，国家林业局发布《国家林业局关于公布第二批国家重点林木良种基地的通知》（林场发[2012]25号），公布了第二批国家重点林木良种基地，共95处。名单如下：
北京市 1处
北京市十三陵林场国家由皮松良种基地
河北省 4处
衡水市中心苗圃场国家白蜡良种基地、遵化市魏进河林场国家板栗良种基地、盐山县国家抗盐碱树种良种基地、河北省林木良种繁育中心国家榆树、核桃良种基地
山西省 4处
关帝山国有林管理局吴城国家油松良种基地、大同市长城山林场国家华北落叶松良种基地、太行山国有林管理局海眼寺林场国家油松良种基地、中条山国有林管理局国家华山松良种基地
内蒙古自治区 4处
内蒙古林木良种繁育中心国家沙生植物良种基地、包头市全巴图林场国家杨树良种基地、通辽市林研所国家杨树良种基地、杭锦旗国家柠条、锦鸡儿良种基地
辽宁省 3处
桓仁县老秃顶子国家落叶松良种基地、凌海市红旗林场国家油松、刺槐良种基地、辽宁省森林经营研究所国家红松、落叶松良种基地
吉林省 4处
四平市石岭国家落叶松良种基地、吉林省林木种苗繁育推广示范中心国家杨树良种基地、通化县三棚林场国家红松良种基地、龙井市开山屯国家红松良种基地
黑龙江省 4处
黑龙江省森林与环境科学研究院国家杨树、樟子松良种基地、五常市宝龙店国家落叶松良种基地、黑龙江省林木良种繁育中心国家落叶松、红松良种基地、佳木斯市孟家岗林场国家红松、落叶松良种基地
江苏省 3处
江都市江都镇国家柳树良种基地、靖江市国家中山杉良种基地、吴江市苗圃国家耐水湿树种良种基地
浙江省 4处
庆元县国家珍贵树种良种基地、兰溪市苗圃国家木荷、马尾松良种基地、天台县华顶林场国家黄山松良种基地、舟山市林科所国家海岛特色树种良种基地
安徽省 2处
泾县马头林场国家湿地松、火炬松良种基地、祁门县林场国家枫香良种基地
福建省 4处
上杭县白砂林场国家马尾松、杉木良种基地、光泽县华桥林场国家杉木良种基地、霞浦县杨梅岭林场国家柳杉良种基地、安溪县白獭林场国家福建柏良种基地
江西省 4处
安福县陈山林场国家杉木良种基地、峡江县林木良种场国家松类、油茶良种基地、永丰县官山林场国家枫香、楠木良种基地、安远县牛犬山林场国家杉木良种基地
山东省 4处
山东省林科院国家白蜡良种基地、乐陵市国有园艺场国家枣树良种基地、山东省林木种质资源中心国家珍稀树种良种基地、东营市试验林场国家白蜡良种基地
河南省 2处
温县国家毛白杨良种基地、洛宁县国家核桃良种基地
湖北省 4处
麻城市五脑山林场国家油茶良种基地、太子山林管局国家马尾松良种基地、湖北省林科院石首国家杨树良种基地、兴山县国家核桃良种基地
湖南省 4处
桂阳县国有苗圃国家马尾松良种基地、桃源县国家湿地松良种基地、安化县林科所国家马尾松、杜仲良种基地、资兴市天鹅山林场国家杉木良种基地
广东省 2处
韶关市曲江区小坑林场国家杉木、油茶良种基地、江门市新会区国家相思良种基地
广西壮族自治区 4处
广西林科院国家油茶、红锥良种基地、派阳山林场国家马尾松、八角良种基地、贵港市覃塘林场国家马尾松良种基地、岑溪市国家油茶良种基地
重庆市 2处
大足县国家香樟、光皮树良种基地、万州区国家木姜子良种基地
四川省 4处
高县来复森林经营所国家马尾松良种基地、凉山州国家油橄榄良种基地、通江县林科所国家银杏良种基地、广元市朝天区林科所国家核桃良种基地
贵州省 2处
天柱县国家油茶良种基地、赫章县国家核桃良种基地
云南省 2处
马关县倮洒国家杉木良种基地、楚雄市紫溪山林场国家华山松良种基地
西藏自治区 1处
西藏自治区林科院国家杨树、柳树良种基地
陕西省 3处
安康市汉滨区国家油茶良种基地、宜君县国家核桃良种基地、略阳县国家杜仲良种基地
甘肃省 4处
徽县国家侧柏良种基地、武威市良种繁育中心国家杨树、樟子松良种基地、天水市麦积区码头苗圃国家杨树良种基地、瓜州县国家胡杨良种基地
青海省 2处
西宁市湟水林场国家杨树良种基地、黄南州麦秀林场国家紫果云杉良种基地
宁夏回族自治区 2处
宁夏林木良种繁育中心国家杨树良种基地、六盘山林业局二龙河国家华北落叶松良种基地
新疆维吾尔自治区 4处
青河县林管站国家大果沙棘良种基地、吉木萨尔县林木良种试验站国家榆树、沙棘良种基地、尼勒克林场国家天山云杉良种基地、玛纳斯县平原林场国家杨树、榆树良种基地
中国内蒙古森林工业集团有限责任公司 1处
乌尔旗汉林业局国家兴安落叶松良种基地
中国吉林森林工业集回育限贵任公司 1处
三岔子林业局国家红松良种基地
中国龙江森林工业（集团）总公司 3处
黑龙江省林科院国家落叶松良种基地、苇河林业局国家红松、落叶松良种基地、桦南林业局国家樟子松、落叶松良种基地
中国林业科学研究院 2处
中国林业科学研究院湛江国家桉树良种基地、中国林业科学研究院凭祥国家西南桦、柚木良种基地
东北林业大学 1处
东北林业大学国家白桦良种基地