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一些树木和花卉扦插生根比较困难，甚至插穗的愈伤组织已形成疙瘩，还是生不出根来。根据插穗的具体情况，分别采取以下相应方法，可收到比较好的效果：
一、清水处理
清水处理的目的是减少或消除插穗体内阻碍生根的物质。将插穗绑成小捆，下端浸在水中，每日换水一次，在遮阴保湿条件下培养7至10天，再经过生根素处理后扦插。
二、扦插时期
树种或品种的遗传性有区别，其体内的营养物质、生根诱导物质和阻碍生根物质的多少，直接影响插穗生根的难易和快慢。不同季节，插穗体内各种物质的含量和相互作用同样影响插穗的生根质量。因此，扦插时要认真了解插穗品种的生根习性，准确把握不同树种或品种扦插适宜时期，如白花木槿、丁香、松柏、杉木等主要在春季扦插；山茶、桂花、黄杨、叶子花、樱花等夏季扦插成活率高；优良品种月季、梅花、木芙蓉、桉树、油橄榄等秋季扦插效果好；北方地区在温室或大棚内冬季扦插，以苗繁苗很容易生根。
三、消毒灭菌
嫩枝扦插育苗是依靠叶的光合作用，将空气中的二氧化碳转化成碳水化合物，并合成天然的生根激素等有利于生根的物质，这是插穗生根的关键因素。只要保证插穗不腐烂变质，使插穗保持正常的生理活动和发挥自身的生理作用，就一定会生根成活，形成新的个体。同时，凡是生根困难的树种和花卉生根时间很长，一般都在20天之后才产生不定根，有的品种需要40天或更长的时间。在漫长的高湿环境下很容易发生腐烂病，所以必须高度重视，在扦插前后对插穗和周围环境进行严格灭菌处理，并在生根过程中每周定时喷药。常用的杀菌剂有百菌清、多菌灵或退菌特等。
四、叶面喷肥
由于难生根的插穗生根时间长，生根物质的减少和消耗需要及时补充。一般在扦插15天后，对叶面喷洒利于生根的物质，如硼砂、硫酸亚铁、硫酸锌、吲哚丁酸、维生素B1、抗枯灵以及氮、磷、钾等化肥，喷洒浓度要稀，每5天喷一次，多在黄昏后进行。但不同品种的插穗需要什么物质对生根更有利，还要进一步深入研究，如油橄榄插穗在生根中需要硼元素的参与，杜鹃、栀子等扦插后喷洒0．5％过磷酸钙或0．1％尿素，可促进根系的形成。总之，叶面喷肥有利于所有品种插穗生根。
五、以苗繁苗
用一二年生的扦插苗枝条再次扦插，也叫“再插木”，插穗的生根率明显提高，经过多次反复扦插，其再生苗具有幼龄化而容易生根的特性，这对常绿阔叶树、花卉、针叶树和其他难生根的品种，进行以苗繁苗非常有效。还可以在塑料大棚或温室内进行较大规模的工厂化育苗，是难生根品种进行嫩枝扦插的好方法。