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秋季生产会有菇蚊菇蝇类、螨类、跳虫、线虫产生危害，还有其它害虫或小动物可形成一定程度的危害，如蜗牛、鼠妇、蝼蛄等。
预防虫类危害
基料堆酵阶段：首先，使用防虫网来预防虫类近料产卵，是经济有效、方法简便的上佳措施，同时又有效解决了药物残留问题。选用一般蔬菜育种上用的防虫网即可，即使微小的菇蝇也无法钻进。其次，经常喷洒高效、低残药物于料表驱避虫类，但使用浓度应低，喷洒量要少，以免产生药残。再次，有条件时尽量采用熟料栽培方法，防虫的同时又兼灭杂菌、病菌，一举多得。最后，在双孢菇、姬松茸菇类栽培时，推广应用二次发酵技术，高达60℃以上的温度，持续2天左右，将使虫类活体包括卵、幼虫以及成虫全部被杀灭，尽管生产成本稍有提高，但却换来了既杀虫、又杀菌、而且基料腐熟均匀、祛除异味等诸多效应，可谓一举多得。
播种发菌阶段：相当数量的虫害就是在该阶段侵入的，一般持续约3周~5周的发菌阶段，平菇、鸡腿菇等菌袋均扎有微孔，可完全满足菇蚊类、螨类虫的进出而基本不受限制。首先，高密度窗纱封装发菌室门窗及通风口等，并坚持闭光培养，以免成虫趋光进入。其次，经常检查室内有否成虫，一经发现，立即喷洒菊酯类低浓度药物予以杀灭，即使单纯喷洒清水，使菇蚊类翅膀上沾有水珠，成虫即可坠地并不能再度飞起，亦可致死。最后，培养室周围环境较差时，例如靠近垃圾、厩厕、粪堆等，除尽可能的予以清理防范外，室内需经常喷洒杀虫药物于空间、墙壁上，也是非常有力的防范措施之一。
出菇管理阶段：第一，菇棚门窗及通风口封装高密度窗纱，防成虫进入。第二，尽量降低棚内光线。第三，管理用水坚持用井水或自来水，不用沟、湾、塘中的“死水”。第四，进出口地面撒1米~2米宽的石灰带，以防螨类、鼠妇等害虫及小动物进入。最后，在出菇间歇，适量喷洒菊酯类药物，并配合施用甲醛、漂白粉类药物，具有虫、菌兼防的双重作用，但在子实体生长其内，应禁用任何药物，以防药残影响质量。
杀灭害虫的方法
及时发现虫害并采取措施予以杀灭，应严格选择药物品种，既注意药残问题，又防止发生药害。
初发虫害密度极小时，使用高效低残的菊酯类药物，空中或料表覆土喷雾即可予以杀灭。
中等发生时，将有部分产卵于料内，可将子实体一次性采光，对菇蚊及跳虫类采用800倍DDV对料表、覆土层喷施，并覆膜3小时~5小时；对螨类虫害可喷洒1000倍杀螨类药物，如扫螨特、杀螨醇等，亦经覆膜数小时；对线虫类采用0.5％甲醛溶液予以重喷，亦须覆膜2小时~4小时。
当料表出现褐色斑块、菌柄有虫蛀现象时，已属重度发生。此时，幼虫多在料内，喷洒药物一般无效，可采用磷化铝“通杀”的措施予以一次性全部杀灭。方法是：将子实体全部采光，菌墙栽培时，使用塑膜覆盖菌墙，两边间隔1米放置一片磷化铝，快速将塑膜四周用土压实，约8小时~10小时即可。菌畦栽培方式的杀虫，参考上述。注意要点：操作要快；覆膜要压实；撤膜时，应先打开菇棚门、窗及通风口。然后将塑膜掀开，待1小时~2小时后，再将塑膜移出棚外，将磷化铝废料小心捡出，予以深埋处理。