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一、苹果锈病。又叫赤星病、苹桧锈病。主要侵害叶片果实，有时也侵染叶柄、果柄和果枝。最初叶片正面、幼果紧靠洼处出现橙黄色小点，逐渐扩大到５-10毫米或10-20毫米的橙黄色病斑，并且隆起产生黄色细点粒并分泌粘液。干燥后变成黑色小病斑背面隆起，长出丛生的淡黄色或灰白色的管状物，即锈孢子器。病变多时的叶片早期脱落。果实后期变成外红内褐色的病斑，染病部位坚硬，生长停滞。多呈畸形果。嫩枝染病后，病枝呈菱形稍隆起，后期龟裂有橙黄色病斑。
苹果锈病以菌丝体在桧柏瘿疣内越冬。春冬遇雨或空气湿度大时，吸水膨胀，在温、湿度适宜时，吸水膨胀的冬孢子萌发产生担子孢子随风雨在5公里以内传播。侵染嫩叶幼果。冬孢子萌发的最适温度是16-22℃。侵染叶面变成黑褐色似圆斑病，幼果病斑呈黄褐色时气温多在22℃以上。气温超过22℃，病菌生长停滞，到秋季气温适宜时病斑又产生许多锈孢子随风传到桧柏树上越冬。
伐除果园附近的桧柏杜绝寄主是不可能的，果农只有各自管好自家的果树及地头的桧柏。果树发芽前至幼果期，给桧柏果树上喷2度石硫合剂或2%粉锈宁600倍液2-3次杀死病菌。
二、锈果病。又称花脸病。初步证实锈果病是由类病毒引起的，年年有发病。症状主要表现在果实上，大至有三种类型：一是锈果型，病害初期果实顶部出现深绿色水渍病斑，逐步由果实顶部向果柄延伸，多发展为4-5条褐色木栓化锈斑，病果小，渣多汁少甚至畸形。二是花脸形。果面上有不规则形状的锈斑。红色品种果实成熟后果面上有许多近圆形的红黄绿斑块。三是复合型。果实着色前，顶部多产生明显锈斑，果面散生锈面斑块。
锈果病病毒主要通过嫁接传染，病毒潜育期为3-27个月。繁育苗木，高接换种必须选择无病毒接种穗，严禁用病枝作为养殖材料，发现幼苗叶片向背面反卷即是带锈果病的病株，及早拔除。
三、果锈。果锈不是由真菌、病毒等病原物主侵染的病害，而是苹果一种生理病症。果实表面出现零散的褐色木栓层，严重时果面失去光泽幼果将近一半果面出现酷似土豆皮的锈斑。一般只产生在果实表面，用手指轻轻一刮就掉，对果肉影响不大。严重时果实汁少味淡，直接影响果实的经济效益。果锈多发生在一些果面角质层薄易于龟裂的品种上，象金帅、华冠、富士。果锈发生的敏感期有两次。第一次在花后20天左右即细胞分裂期。第二期是果实膨大期。幼果内部细胞的分裂和膨大期细胞迅速膨大。表皮产生细小裂口形成木栓成为果锈，花后一月遇低温高湿发病严重，高温干旱则发病较轻或没有果锈，树势强，光照好，发病轻，树势弱，密闭，发病重。近几年在金帅上实验谢花后随即给果实套上塑膜袋，正常喷药，套袋和不套袋果锈发病相差不大。只是不套袋果的果锈锈点稍大，说明喷药不是致锈的主要原因。目前还没有防治果锈病的有效药物。最好是多施有机磷肥增强树势，改造树形，增加光照减轻病害。