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1.能与播种设备配套使用选择穴盘时要考虑所选用的穴盘的与播种机、移苗机、补苗机等相配。2.规格（这里仅指穴孔的数量）的选择一般情况下，每个穴盘的穴孔越多，相对来说，其每个穴孔的容积就越小。在选择时，除了应该考虑所播的种子的大小、形状和类型外，还需要考虑作物特点和种苗客户对种苗大小的要求。如洋葱育苗，因其在苗期就会形成小的鳞茎球，选择时应考虑用较大一些的穴孔，如128穴盘；西瓜、葫芦等瓜类育苗时，因其种子大、子叶也较大，容易挤苗，又因其生长期很短，可考虑用大一些的穴孔，如72穴盘；生菜、西兰花等普通蔬菜育苗，则可用200穴盘；花卉育苗，则通常可选择使用288穴盘。在穴盘苗的生产中，穴盘的规格与苗圃的生产规模也有直接的关系。
如果温室面积较大，但生产量不足，可考虑选用穴孔较大的穴盘。我国的穴盘种苗生产目前尚处于初级阶段。播种技术还不很成熟的种苗生产者，可考虑选用相对较大一些的穴盘，穴盘的穴孔越小，其穴盘苗管理就越难，种苗在小小的穴孔中更易出现问题，介质中的水分、营养、氧气、pH值以及可溶性盐略有波动便会对小苗造成致命的伤害。根据生产成品目的的不同所选择的穴盘规格也不尽相同。生产组合盆栽用苗的，可选择较小一些的穴孔。生产用于带盆摆放的花卉种苗，可选择穴孔稍大一些的穴盘，如128穴盘。而生产花坛布置（较小时直接种植在地里，观花期较长）用苗的，可用穴孔稍小一些的穴盘，如288穴盘。生产旺季，在温室面积有限的情况下，****盘苗在特定的区域内密度可略大一些。但秋海棠一类的植物，最好使用128或288穴盘，使用更小的穴盘几乎是不可能生产出优质种苗的。穴孔较大的盘为每株苗提供的空间也大，因此，种苗长得也更大。许多种植者选用72或128盘进行春季生产，以便加快成品花的生产速度。
在北方气候较寒冷的地区，早春育苗最好用288的****盘以节省温室面积。另外，还要依据客户对种苗大小的要求进行选择，如很多客户要求用较大一些的秋海棠苗，这时可考虑使用128穴盘，而不用288穴盘。较小的穴盘苗(512或更小的苗)由于介质量较少，不耐长途运输，并且极易挤苗，成苗后需要及时定植。3.穴孔深度的选择目前市场上可供选择的穴盘深度在4～5cm之间。因引力作用的影响，穴孔越深，其进入的氧气量就越大，越有利于种苗生长。4.穴孔的形状穴孔一般有圆形、方形、六棱形、八棱形、星形等形状。目前市场上用的都是坡形穴盘。从形状上看，坡形更像是一个倒立的金字塔。这种形状的穴孔更有利于幼苗的根系向深处发展。方孔盘比圆孔盘每个穴孔的介质量多30％ (以288圆孔盘和288的方孔盘相比)。多出的这些介质足以说明穴盘内部根系接触到的面积要更大一些，因此，种苗的根系会得到更加充分地发育。由于穴盘上部穴与穴之间间隔的面积明显减少，因此方孔穴盘内水分的分布更加均匀。六棱形、八棱形以及星形穴盘的介质容量更大，根须接触到的面积也更大，但是单苗的介质成本更高。目前用得最多的是方孔穴盘。部分穴盘在穴孔之间还留有通风孔，以利于小苗间的空气流通。这类盘的特点还有：叶片会更干爽，疾病更少，介质干化更均匀。种苗在生长过程中即使在穴盘的中间位置，高度也会非常一致。5.穴盘的颜色穴盘的颜色会影响到根部的温度。聚苯泡沫穴盘颜色总是白的，它不但保温性能很好，而且反光性也很好。硬质塑料穴盘一般为黑、灰和白色。多数种植者选择使用黑色盘，尤其是冬季和春季生产，黑色盘吸光性好，光能转换成热能对种苗根部的发育更有利。
蔬菜种苗和苗期较长的花卉种苗如秋海棠等，通常选用穴孔较大的穴盘，如128、200穴盘；虞美人、飞燕草、洋桔梗等根系扎得较深，选择穴孔较深的穴盘较好；天竺葵、非洲菊、仙客来以及部分多年生植物开始阶段一般使用穴孔较小的穴盘，如288穴盘，然后再移栽到较大穴孔的穴盘中，如128穴盘。6.穴盘的重复使用如果穴盘要重复使用，则必须要对已使用过的穴盘进行挑选，剔除那些老化、破损的穴盘。然后把想要再次使用的穴盘彻底清洗干净并进行消毒，尤其是可能有矮壮素残留的穴盘。穴盘消毒，建议不使用漂白剂，原因是部分塑料穴盘可以吸收漂白剂中的氯，并与聚苯乙烯反应，形成有毒的化合物。它会严重影响到下季作物的发芽和生长，尤其是秋海棠，对其更为敏感。把已用过的穴盘彻底清洗干净后，再放到季铵盐(如“physan20”“绿盾”)等一类的表面消毒剂中进行消毒。比较简易的方法是用触杀性杀菌剂如托布津、多菌灵等药液浸泡消毒。切记，消过毒的盘在使用之前必须彻底洗净晾干。如果泡沫穴盘的密度很高，高温下不致融化的话，可以考虑用蒸汽消毒法进行消毒。对于质地较薄的穴盘来讲，重复使用次数不宜超过2～3次。因为长时间的搬动会造成穴盘断裂，种苗分离机、移苗机对穴盘也会产生机械性磨损。时间长了，排水孔变大,栽培介质便会从穴盘底孔漏出。
另外，采用作为穴盘育苗的补充，平盘箱播来完成一些很难用穴盘来生产的种苗的生产是很必要的，如播种不包衣的四季海棠、大岩桐、矮牵牛等极细小种子，以及一些发芽很不整齐的种子来说是很有必要的。平盘育苗技术在从传统育苗到穴盘育苗的过渡中起到了相当重要的作用，在20世纪90年代中后期，箱播育苗在我国花卉生产中处于相当重要的地位。通常使用的箱播容器主要有材质为塑料的正方形平盘、长方形平盘、以及各地自制的木箱、铁箱等，平盘的外型尺寸最好和穴盘的规格一致，这样可以使苗床的利用率提高，外观整齐一致，有利于生产管理。平盘箱播的介质一般采用泥炭、珍珠岩、蛭石等材料，填好介质后浇透水再进行播种。和穴盘规格相同的平盘每盘播种量在400～800粒种子之间。应该注意要将种子均匀地播到平盘内。