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一、营养液用水
自然雨水是最安全的水源，但从使用聚氯乙烯薄膜的棚室中接受的雨水则受可塑剂酞酸酯影响；从玻璃温室接受的雨水易引起硼过剩症。井水多含氯、钙、铁、镁及微量元素锌、铜、钼等，须预先分析水中元素含量，以决定营养液配制时的适宜增减量。利用自来水和河水时，常因残留氯和混入除草剂引起生育障碍。特别是自来水未做去氯处理，残留氯会引起蔬菜根腐病发生。当河水、井水及自来水等营养液用水含盐过量时，可用蒸馏法、离子交换法、电渗析法等去除。用雨水代替则更为经济。
二、营养液配制
除无土栽培专用肥外，目前各地也使用单一肥料及与水质相适应的混配化肥，但肥料用量的计算、配制、调节等较为复杂，容易出现一些问题。
1.肥料计量器具未校正或校正有误，造成配制的母液浓度、组成与原设计不同；肥料溶解先后顺序错误，未能全溶 ；忽略了肥料元素表示法和氧化物表示法的不同，造成营养液配制错误。
2.采用普通肥料，纯度过低，原液配制时发生沉淀；从补水口附近取样，造成分析结果偏低。由于从取样到结果分析需要时间，难以及时调整肥料组成和浓度。
3.漏加微量元素，引起全部植株发生微量元素缺乏症，产生茎叶黄化现象。
4.循环式营养液栽培中常用电导率（EC）变化来调控总离子浓度。但常因钙、镁等，特别是钠积累过多，导致生育不良。即EC值变化不能反映营养液中单一元素浓度及各组分比例等变化，造成营养过剩或缺乏。有时发现循环营养液中磷浓度过低，则提高磷浓度，造成磷被过量吸收，发生叶片黄化现象。
5.为提高营养液pH值，增施铵态氮，但因作物优先吸收铵态氮，营养液中剩余较多的硝态氮，结果导致pH值更加降低。
三、营养液供给
营养液供给障碍以灌水管和滴管头堵塞最为常见，尤其在岩棉及基质栽培中发生较多。
1.滴管喷嘴堵塞。使用后喷嘴未充分洗净，肥料结晶，堵塞喷嘴，施工时不慎灰尘进入供液管，造成喷嘴堵塞。有时喷嘴虽畅通，但管内大量滋生藻类，造成供液障碍，应及时用双氧水清洗。
2.灌水管障碍。使用质量较差的灌水管，生育后期因堵塞造成供液不均，生长发育受阻，随生育进程供液量突然增加，灌水管破损，造成供液障碍。
3.茄果类、瓜类等蔬菜作物植株调整时，滴管头偏离位置，植株不能及时获得营养和水分，造成植株萎蔫。此外，虽供液正常，但水压过低，供液量少，也会造成作物萎蔫。
四、控制系统
控制系统常会因环境因素、人为操作及突发条件等改变而出现障碍，应随时检查、维修。
1.EC计传感器部位附着气泡或灰尘，造成浓度测定异常，难以正确调控营养液浓度；使用简易EC计，因不校正温度，故浓度测定与调整亦不准确。
2.酸度计发生故障，调节pH值时可能将大量的强酸或强碱送入培养液，引起作物枯萎。
3.温室内插座防水性能差，漏电使自动保护器启动断电，自动控制装置不能继续工作；因故改换手动操作后，未再回到自动调控档，不能自动调控。
4.停电后再供电，定时供液开关未重新调整，造成供液时间混乱，引起供液障碍。
五、营养液滞留
营养液栽培中供应水分和养分的同时，如何满足根系呼吸必需的氧气，是关系到作物正常生长发育的关键。生产中尤其应注意，高温期营养液不能滞留于根际周围，以免影响氧气供应。
1.岩棉栽培因排水不良，引起营养液滞留于根际，发生根腐病。
2.营养液膜（NFT）栽培因栽培床坡降过小，营养液循环不畅、滞留，造成供氧不足，植株发生萎蔫。
3.深液流栽培因鼠害、虫害及机械原因等造成栽培床渗漏，营养液栽培不能正常进行。
六、岩棉栽培
岩棉是一种用多种岩石熔融在一起，喷成丝状冷却后粘合而成的疏松多孔、透水透气、性能优良的无土栽培基质。荷兰、日本等无土栽培发达的国家近年来着力发展园艺植物岩棉无土栽培，取得了良好的效益。现岩棉栽培技术已在包括我国在内的许多国家推广应用，但由于未充分了解和掌握岩棉的特性和应用特点，实际应用中也出现了不少问题，须引起注意。
1.岩棉种植垫未预先在营养液中充分浸泡，幼苗种植后，尽管持续滴灌，但种植垫吸水远远不够，仍处于干燥状态，造成幼苗萎蔫。栽培中种植垫一旦干燥，即使继续供液，植株也会马上萎蔫。此外，供液不足也会发生萎蔫，应将种植垫浸液处理。
2.栽培床较长而不甚平整时，岩棉块依次码开，培养液则由高处向低处移动，位于高处的植株则发生萎蔫。
3.床温及基质温度对岩棉栽培有重要影响。茄果类、瓜类蔬菜在8月份和12月～翌年1月份定植时常因温度过高、过低而生长不良，须调控温度。
4.上茬收获后，马上定植下茬幼苗，因前茬作物残根尚在岩棉种植垫内，迅速腐烂，抑制幼苗根系生长，造成生育障碍。
5.茄果类等蔬菜根系生长迅速，穿透包被岩棉种植垫的无纺布或薄膜，伸入土中，引起枯萎病。