投资巨大操作困难:一亩需要几十万,投资十分巨大。营养液的配制、自动设施的掌控等都需要专业的知识、专业的技术人员,普通老百姓很难掌握,操作特别困难。
成本高昂得不偿失:传统无土栽培一亩仅营养液就需15000多元、固定植株的基质6000多元,加之很多设备要消耗大量电能,电费及设备维护费用高,产品成本十分高昂,国内菜价较低得不偿失,同时口感较差不适应中国人饮食习惯。我国九十年代兴建大量无土栽培,现在大多停产,只有少量残存仅以观光为主。
固体肥料弊端多多:也有用固体专用肥料进行无土栽培,一亩一季仅固体肥料就需2000元、一年需要4000元,成本仍然很高,同时肥效缓慢、营养不全、不能满足植物的营养要求很难高产,又容易伤根,还施用不便,要花费大量人工。