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锈病有黑锈病、白锈病、褐锈病等，都是病菌孢子传染的，气候湿润时容易发病。最早在7月初出现，而以9月发病严重。
锈病主要危害菊花的叶和茎，以叶受害为重。黑锈病是锈病中危害较普遍的一种，开始叶片表面出现苍白色的小斑点，逐渐膨大呈稍圆形突起，不久叶背表皮破裂生出成堆的橙黄色粉末，随风飞散，大面积传染。随后叶片上生出暗黑色椭圆形斑点，叶背表皮破裂后又生出黑色粉末，严重时自下而上全株染病，致叶片干枯。白锈病叶子表面发生灰白色圆形病斑，逐渐发干呈红褐色，最后变成黑褐色，严重时会导致菊株枯死，比黑锈病危害严重。褐锈病叶子表面密生淡褐色或橙黄色的细小斑点，致叶子枯黄。
锈病是菊花常见的病害，病原为担子菌亚门，白锈病由柄锈菌属引起，而黑锈病则由菊柄菌引起。病原菌一般在植株新芽中越冬，随菊苗养殖而传播，通过风、雨、昆虫等进行传播。病原菌喜凉，不耐高温，最早在6-7月出现，而以9-12月发生较多，6℃以下或31℃以上不易侵染，而温暖多湿季节有利病害发生，在湿度大、光照足、通风不良、昼夜温差大、10-24℃条件下最易发生，以寒冷、阴雨、日暖夜寒、潮湿天气发生较严重。
栽培管理不良、通风透光条件差、地势低洼排水不良、土壤缺肥或氮肥过量、空气湿度大等，都会促进菊花锈病的发生。通风不良、透光性差、土壤板结、排水不畅、施氮肥过多、缺肥、多年连作等均发病严重。
防治方法
（1）选用抗病良种；
（2）养殖时母本植株应保证无病虫害，扦插时用代森锰锌溶液浸泡插穗，可预防插穗带菌传播；
（3）加强栽培管理。土壤湿度大、地下水位高的，要注意开沟沥水，盆栽植株要注意疏通排水孔或洞，防止灌水。避免密植，加强通风透光，控制肥水，不使土壤过于潮湿。遇降雨天气，应排清田间积水，以免病菌随水飞溅传播。在氮、磷、钾合理配合的基础上，适当增施磷、钾肥，以提高菊花的抗病能力。栽培土要用消毒新土，切忌连作。地栽菊花在9-11月份受病害较重，连阴雨多，空气湿度大，连年栽种，极易发病。应注意加强通风，排水降湿，增加光照；
（4）控制病害蔓延，一旦发现病叶、病枝要及时剪除，集中深理或沤肥，可消灭上面的病原，以防病菌蔓延。花后要彻底清除病株叶，并集中烧毁，消灭侵染源；
（5）早春发芽前，喷波美3-4度石硫合剂。发病期间喷洒80%代森锰锌50O倍液、25%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液、20%萎锈灵乳油4O0倍液、25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液、5%甲霜铜可湿性粉剂6O0倍液或75%百菌清可湿性粉剂500倍液，每7-10天喷一次，交替使用，连喷3-4次，可达到良好防治效果。
二、白粉病
主要危害叶及茎，受害叶片上呈白色粉末状病斑，由点成片，如同白霜。严重时叶片变形，停止生长，植株凋萎。
该病由真菌中的一种半知菌所引起，从8-9月间到入冬由真菌传染发病。发病初期，出现白色小斑点，逐渐扩大成不规则形病斑，病斑上长出白色粉状物，致使叶片卷曲，枝条畸形，花少而小，甚至全株枯死。发病严重时，在叶和花蕾上可发现灰白色菌丝，似一层粉霜，使嫩枝花叶皱缩变形，严重影响观赏效果。特别是在温室栽培时，病势蔓延非常迅猛。
此病在温度较高、湿度较大、光照少、通风不良、昼夜温差10℃左右时最易感染发病。
防治方法
（1）注意通风透光，行距不能过密，土壤湿度不能过高；
（2）摘除早期病叶烧毁；
（3）7-8月发病前喷洒多菌灵、50%可湿性托布津800-1000倍液、二硝散200倍液、50%代森铵1000倍液或0.2-0.5%石硫合剂，每周一次，连续喷施4-5次。
三、灰霉病
灰霉病主要危害菊花的叶、茎、花等部位。叶受害时在叶片边缘呈褐色病斑，表面略呈轮纹状波皱，叶柄和花柄先软化，然后外皮腐烂。花受害时影响种子成熟。高温多雨、氮肥施用过多、栽植过密以及土壤质地粘重等，都有利于灰霉病的发生。
防治方法
（1）客土栽植。病菌主要在土壤中越冬，因此，无论是园栽还是盆栽，一律要求土壤是无病菌新土；
（2）发现病叶及病重株应及时清除，集中烧掉或深埋，以防病害传播蔓延；
（3）新栽菊花定植前可用65%代森锌300倍液浸根10-15分钟；
（4）重视栽培管理，注意改善通风透光条件，不偏施氮肥，雨季注意开沟，严防土壤灌水；
（5）发病初期可喷洒波美0.3-0.5度的石硫合剂、代森锌、多菌灵等杀菌剂。
四、叶斑病
1.黑斑病
2.褐斑病
3.轮斑病
4.斑点病
五、病毒病
六、线虫病
七、枯萎病
八、根腐病